На територији НДХ СПЦ имала је осам епископија: две митрополије и шест епархија. Такође, под њеном влашћу нашли су се и делови митрополије београдско-карловачке. Током 1941. године најважније организационе јединице СПЦ биле су фактички угашене. Судбина епископа СПЦ чије су се епископије нашле у оквирима НДХ осликава судбину целокупног православног свештенства и монаштва у тој држави. Од укупно осам епископа, тројица су убијена, тројица протерана, а један је интерниран у Италију. Сличну судбину су доживели и остали клирици СПЦ: протеривани су у Србију, убијани или слани у концентрационе логоре. Православни верски објекти уништавани су, пљачкани, паљени, скрнављени и демолирани. Увидевши да православно, односно српско питање у НДХ неће бити решено екстерминацијом, исељавањем и верским прелазима, приступило се изналажењу других метода. У ту сврху послужила је идеја Еугена Кватерника о потреби „патријархата Хрватске православне цркве“. О правним и политичким аспектима стварања Хрватске православне цркве расправљало се на седницама Сталног одбора за правосудне и богоштовне послове Хрватског државног сабора. Међутим, у самом поступку оснивања није учествовао Хрватски државни сабор, већ су тај посао, према свему судећи, преузели људи који су уживали Павелићево поверење. Хрватска православна црква званично је основана 3. априла 1942. године законом који је донео поглавник Анте Павелић. Та квазицрква, од самог почетка била је државна установа НДХ и по доношењу устава квазицркве, сам Павелић, на дан 6. јула 1942. године, „устоличио је“ Гермогена као поглавара ове наказе од верске институције и то са титулом „митрополита загребачке митрополије“ ХПЦ. Када је стао на чело ХПЦ, усташе су остарелом и сенилном Гермогену поставиле за сарадника Савића Марковића Штедимлију…